Ein Steuerbescheid, der unter dem Vorbehalt der Nachprüfung ergeht, kann jederzeit durch das Finanzamt oder den Steuerpflichtigen geändert werden. Damit kann auch nach Ablauf der Einspruchsfrist der Steuerbescheid geändert werden. Generell stehen Steueranmeldungen (z.B. Umsatzsteuervoranmeldung, Lohnsteueranmeldung) unter dem Vorbehalt der Nachprüfung.

Der Vorbehalt der Nachprüfung wirkt sich nicht auf die Verjährungsfrist (Festsetzungsfrist) des steuerlichen Sachverhalts aus. Der Vorbehalt der Nachprüfung ist aufzuheben, wenn ein Steuerfall geprüft wurde. Zu einer abschließenden Prüfung kommt es zum Beispiel bei einer Betriebsprüfung. Der Vorbehalt der Nachprüfung entfällt jedoch nur für die geprüfte Steuerart. Wird zum Beispiel nur eine Lohnsteueraußenprüfung vorgenommen, so entfällt damit nicht der Vorbehalt der Nachprüfung für die Umsatzsteuer, sondern nur für die Lohnsteuer.